1896, während der hamidischen Massaker an den Armeniern, befand sich Johannes Lepsius in Opposition zur Orientpolitik des Deutschen Reichs. Dennoch glaubte er, besonders nach dem Einsetzen einer aktiven deutschen Orientpolitik um die Jahrhundertwende ein Zeit lang, ein »ethischer« Imperialismus, der sich in Einklang mit seinen eigenen missionarischen Konzepten befand, könnte zu einem Modell werden für eine mögliche Verbindung von moralischen Imperativen und Realpolitik, besonders in der armenischen Frage. Die erfolgreiche Zusammenarbeit mit dem Auswärtigen Amt während der Verhandlungen zu den armenischen Reformen 1913 schien ihm dabei Recht zu geben.